İskenderpaşa Mahallesinde Meydan’ın doğusunda yer alan cami, 1529 yılında Trabzon Valisi İskender Paşa tarafından yaptırılmıştır. Tek kubbeli camiler grubunda inşa edilen yapı, 19. Yüzyılda iki büyük müdahale ile çok üniteli plana dönüştürülmüştür. Erken yapının son cemaat yerinin harime bağlanıp büyültülmesi ve yeni son cemaat yerinin eklenmesi ile son şeklini almıştır. Bahçesindeki medrese ile birlikte inşa edilen cami, Trabzon’un simge yapılarındandır.

İskenderpaşa Mahallesinde Meydan’ın doğusunda yer alan cami, medrese ile birlikte tasarlanmıştır. Giriş kapısı üzerindeki kitabesine göre 936 H/1529 M yılında dönemin Trabzon Valisi İskender Paşa tarafından yaptırılmıştır. Yapının bu inşa kitabesinden ayrı üç kez onarım gördüğünü bildiren kitabeler de günümüzde yerlerinde durmaktadır. Bahçe kapısı üzerindeki kitabe 1291 H/ 1874 M yılındaki onarımı, iç kapısındaki 1300 H/ 1882-83 M yılındaki onarımı, mihraptaki 1315 H/1897 M tarihindeki onarımı göstermektedir.  1531 yılında kurulan Trabzon Beylerbeyi İskender Paşa bin Mustafa Bey Vakfiyesi’ne kayıtlı olan cami, kitabelerle sabit olan onarımları dışında da müdahale izleri taşımaktadır. Tuluk, haklı olarak özgün yapının tek üniteli bir plan tipolojisine sahip olduğunu belirtmektedir. Tek kubbeli cami plan tipindeki bu ilk evrede, kuzey yönde kırma çatılı üç gözlü bir son cemaat yeri ve bu son cemaat yeri ile harimin birleştiği kuzeybatı köşede bir minare bulunmaktaydı. Bu özgün yapıya ilk olarak son cemaat yerine eklenen sundurma ile müdahale edilmiştir. Yine araştırmacı Tuluk’un tespitlerine göre 1874 yılında caminin kuzey harim duvarı kaldırılmış iki sütun eklenilerek son cemaat yeri harime bağlanmış ve kuzeye de yeni bir son cemaat yeri eklenmiştir. Eklenen sundurma biçimindeki son cemaat yeri 1882-83 onarımında kaldırılarak daha derin bir son cemaat yeri eklenmiştir. 1897 yılında en son eklenen son cemaat yeri kaldırılmış ve yerine harim duvarlarından dışarı taşan oldukça geniş son cemaat yeri eklenmiştir. Günümüze de bu son ekleme ile gelen caminin sonradan yapılan bütün eklemlerindeki pencere düzeni, özgün yapının pencerelerine uydurularak yenilenmiştir. Barok mihrabın da bu dönemden kalma olduğu değerlendirilmektedir. 

Yapılan müdahale ve eklentiler ile iki üniteli bir planlama gösteren caminin minaresi özgün yapıda bulunduğu yerde muhafaza edilmiştir. Harim bölümünü oluşturan iki üniteden ilki özgün yapıyı da oluşturan tek kubbe örtülü alan, ikincisi ise sütunlarla harime bağlanan özgün yapının üç gözlü son cemaat yeridir. Ancak harimin bu ikinci ünitesi, özgün yapının üç gözlü son cemaat yeri değil daha genişletilmiş sonraki eklemedir. Ortada kubbe iki yanda beşik tonoz örtülü bu alanın duvarları daha incedir. Güncel plan okumasında caminin ters T tasarımı olduğu izlenimi veren son cemaat yeri, giriş kapısının iki yanında iki paye, bu orta bölümün iki yanında silindir gövdeli iki sütun ve kenarlarda da duvar dillerine bağlanan yuvarlak kemerli beş gözden ibarettir.         

Kitabe:

Yapının inşa kitabesi yanında üç adet de onarım kitabesi vardır. 

İnşa Kitabesi

Okunuşu:

Kad benâ hâze’l-mescide’l-mübâreke fî eyyâmi devleti’s-Sultâni’l-a’zam el-Hâkâni

‘l-mu’azzam mevlâ mülûki’l-Arab ve’l-Acem es-Sultân Süleymân bin Selîm Hân bin

Bâyezîd Hân halledallâhu mülkehu…

Her kes ki koned çunîn binâyî. Her giz ne-hored der ân cihân gam

Târîh-i tamâmiyeş bi-goftem. Ez menzil-i hayr yek aded kem

Anlamı: 

Bu mübarek mescidi Bâyezîd Hân oğlu Selîm Hân oğlu büyük sultan, ulu hâkân

Arap ve Acem meliklerinin efendisi Sultan Süleyman (Allah mülkünü ebedî kılsın) devlet günlerinde … yaptı. Her kim ki böyle bina yaparsa, dünyada asla gam yemez.

Tamamlanış tarihine, “menzil-i hayr”dan bir eksik dedim. Ebced hesabı ile 936 H/1529 M.

Onarım Kitabesi-1:

Okunuşu:

Kâlallâhu Te’âlâ selâmın aleykümü’dhulü’l-cennete bi-mâ küntüm ta’melûn.

1291 Ketebehu Sâmî

Anlamı: 

Allahu Teâlâ buyurdu: (melekler onların canlarını temizlenmiş olarak alırken) selâm size, yaptıklarınıza karşılık hadi cennete girin (derler).

Onu Sâmî yazdı. 1291 H/ 1874 M

Onarım Kitabesi-2:

Okunuşu:

Kâlalâhu Te’âlâ: innemâ ya’muru mesâcidallâhi men âmene billâhi ve’l-Yevmi’l-âhir.

Sadakallâhu’l-azîm.

Ketebehu Es’ad 1300

Anlamı:

Allahu Teâlâ buyurdu: Allah’ın mescidlerini sadece, Allah’a ve âhiret gününe inanan … kimseler onarır. Ulu Allah doğruyu söyledi.

Onu Esad yazdı. 1300 H/ 1883 M

Onarım kitabesi-3:

Küllemâ dehale aleyhâ Zekeriyya’l-mihrâbe vecede indahâ rizkâ.

28 Safer 1315

Zekeriyya mabedde onun yanına her girişinde, yanında bir yiyecek bulurdu.

28 Safer 1315 H/1897 M