Pazarkapı Mahallesi'nde, Mısırlı Sokağın batısında yer alan Molla Siyah Camii, Bizans Dönemi'nde XI. yüzyılda St. Andreas Kilisesi olarak inşa edilmiştir. Fetihten yaklaşık yüz yıl sonra camiye dönüştürülen yapı, üç nefli bazilikal planda, kesme ve kaba yonu taş ile inşa edilmiştir. 1929 yılında terk edilen cami, 1970'lerde onarılarak yeniden işlev kazandırılmış ve 2015 yılında Trabzon Vakıflar Bölge Müdürlüğü tarafından restore edilmiştir.

Pazarkapı Mahallesi’nde, Mehmet Hamdi Sokak ile Mollasiyah Cami Sokaklarının çevrelediği alanda yer alan Molla Siyah Camii, inşa tarihine ait bir kitabe bulundurmamaktadır. Ancak T. Bryer ve S. Ballance gibi çeşitli kaynaklar, yapının ilk olarak 10. veya 11. yüzyılda inşa edildiğini ve 14. yüzyılda da bugünkü şeklini aldığını aktarmaktadır. Kilise, Aziz Andrea’ya (Hz. İsa’nın on iki havarisinden biri) ithaf edilmiştir. Aziz Andrea, Hristiyanlığı yaymak için İmparator Diocletianus döneminde Trabzon’a gelen erken dönem Hristiyan azizlerinden biri olarak tanımlanmaktadır. Kilise, fetihten yaklaşık yüz yıl sonra camiye dönüştürülmüştür. 1557 yılındaki arşiv kayıtlarında "Nakip Camii" olarak bahsedilmesi, camiye dönüşümünün 1557’den önce gerçekleştiğini göstermektedir. 1610’da Bordier tarafından yapılan kent çiziminde Aziz Andreas Kilisesi olarak gösterilse de, bu durum önceki bilgilerle çelişmektedir; çünkü anılan dönemde yapının camiye çevrilmiş olması gerektiği Lowry tarafından haklı olarak kabul edilmiştir. 1929 yılında terk edilerek kullanım dışı kalan yapı, 1970’lerde onarılarak yeniden cami işlevine kavuşturulmuş ve Trabzon Vakıflar Bölge Müdürlüğü tarafından 2015 yılında tamamlanan restorasyon ile günümüze mamur bir halde ulaşmıştır. Camiye dönüştürüldükten sonra "Nakip Cami" olarak isimlendirilen mabet, daha sonraki yıllarda "Molla Siyah Camii" olarak adlandırılmıştır.

Doğu-batı istikametindeki dikdörtgen bir alan üzerine oturan yapı, üç nefli bir bazilikal planlıdır. 6 x 11,30 m ölçülerindeki iç mekân, dışta sonradan eklenen kuzeydeki son cemaat mahalli ile birlikte yaklaşık 12 x 12,30 m ölçülerine ulaşmaktadır. Doğuya bakan dışarı taşırılmış üçlü apsisin yanlardaki pastophorion hücreleri içten (at nalına yakın) ve dıştan yuvarlak, ana apsis ise içten yuvarlak (at nalına yakın) dıştan beşgen biçiminde ve diğerlerinden daha büyüktür. Esasında narteksi olmayan kilisenin naosunu ikişer sütunun taşıdığı yuvarlak kemerler üç nefe ayırmaktadır. Beşik tonoz ile örtülen yapının orta nefi daha geniş ve yüksek, yan nefler ise alçak ve daha dardır. Günümüzde orta nefin beşik tonozu, üzeri kaplanarak korunmuş, yan neflerin çatları yenilenmiştir. Camiye dönüştürüldüğü sırada mihrap, minber ve kuzeydeki son cemaat yeri eklenmiş, minare yapılmamıştır.

Batı yöndeki giriş kapısı ile dışa açılan kilise, camiye dönüştürüldüğünde bu kapı kapatılmış ve kuzeydeki son cemaat yeri eklenerek mabede giriş buradan sağlanmıştır. Sonradan eklenen yuvarlak kemerli iki gözlü son cemaat yerinin ortada olanı daha büyük, batı yanındaki ise küçük ölçülüdür. Kesme ve kaba yonu taş malzeme ile yığma usulünde inşa edilen yapının pencere kemerleri, orijinalinde de tuğla malzemeli olmalıdır. Bu mimari özellikler, Molla Siyah Camii'nin tarihsel ve kültürel önemini artırmaktadır.