Panagia Theoskepastos (Tanrının koruduğu yer) veya günümüzde Kızlar Manastırı olarak bilinen yapı, Boztepe Mahallesi'nde Muhtar Coşkun Karaağaçlı Caddesi'nde yer almaktadır. III. Aleksios Megas Komninos tarafından 1349-1390 yılları arasında, inşa edilen manastır kompleksi, iki teras üzerinde konumlanmış ve yüksek koruma duvarları ile çevrelenmiştir. Bu kompleks; kaya kilisesi, tek apsisli kilise, şapeller, çan kulesi, keşiş (rahibe) odaları, misafirhane, kütüphane, yemekhane, mutfak, fırın, çeşme ve maşatlık (mezarlık) ögelerini kapsamaktadır. Kaya kilisesinin duvarlarında, Hristiyan ikonografisinin önemli sahnelerinin yer aldığı freskler ve yazıtlar bulunmaktadır. Yapı, günümüzdeki halini 19. yüzyıla kadar yapılmış olan restorasyonlarla almıştır. Farklı dönemlerde, farklı amaçlar için kullanılmış kompleks, 2014 yılında başlayan restorasyon süreci sonunda ziyarete açılmış ve müze olarak hizmet vermektedir.

Kızlar Manastırı, Boztepe Mahallesi’nin kuzeybatı yamaçlarında Muhtar Coşkun Karaağaçlı Caddesi’nde yer almaktadır. Manastır kompleksi, 1349-1390 yılları arasında, III. Aleksios Megas Komninos tarafından inşa edilmiştir. Yapı, imparatorun babası Basileios ve eşi Theodora ile olan hanedan bağlarını simgeleyen bir kült merkezi biçimini almıştır. Yazılı kaynaklar ve manastırın girişindeki kitabeler, yapının 14. yüzyılda inşa edildiğini ve 18. ile 19. yüzyıllarda büyük onarımlar geçirdiğini göstermektedir. Özellikle 1843 yılındaki kapsamlı restorasyon, bugünkü mimari dokunun büyük bir kısmını şekillendirmiştir.1843 yılında komplekse, kuzeydoğu kısmında yer alan küçük hücreler, metropolit konutu eklenmiştir. 1923 yılına kadar dini amaçlarla kullanılagelen manastır kompleksi bu yılda terkedilmiş ve önemli tahribatlar görmüştür. Yapının özgün üst örtüsünün bu dönemde çöktüğü düşünülmektedir. 1970 yılında yeni işlev kazanan yapı, çocuk hastanesi olarak kullanılmıştır. Nihayet, 1978 yılında yapının tarihî ve turistik potansiyeli fark edilerek yeniden yapılandırılmış ancak uzun bir süre daha kullanılmamıştır. Kurulduğu tarihten itibaren bazı değişiklikler yapılan ve genişletilen manastırın ilk ve ana yapısının güney kısımda konumlanan ve içinde kutsal su bulunan kaya kilisesi olduğu kabul edilmektedir. Bu ana kilisenin giriş tarafındaki şapel ve birkaç hücreden oluştuğu düşünülen kompleks, zamanla genişletilmiştir. Manastırın giriş bölümündeki yapılar ve doğu tarafındaki manastır hücreleri, ikinci terasta bulunan tek apsisli kilise ve baldaken (sütunlarla çevrili, üstü küçük bir kubbeyle kapatılmış yapı elemanı) mezar, 19. yüzyıla ait mimari unsurlardır. Böylece manastır, iki teras üzerinde konumlanmış ve yüksek koruma duvarları ile çevrelenmiştir. 

Manastır, iki teras üzerinde konumlanmış ve yüksek koruma duvarları ile çevrelenmiştir. Kızlar Manastırı’nın mimari kurgusu, tipik bir Ortaçağ manastır yerleşkesinden ziyade, sarp bir topografyaya eklemlenmiş "kale-manastır" karakteri taşır. Akademik literatürde yapının mimari kimliği, savunma refleksi ile dinsel huşunun birleşimi olarak tanımlanır. Kızlar Manastırı, topografyaya uyumlu olarak teraslar üzerine kurulu bir kompleks yapıdır. Alt teraslarda genellikle hizmet birimleri (mutfak, ahır, depo) yer alırken, üst teraslarda manevi merkez olan Kaya Kilisesi ve rahibe hücreleri konumlandırılmıştır. Yapıya batı yönündeki anıtsal bir kapıdan girilir. Bu giriş, doğrudan avluya açılan kontrollü bir geçiş alanı sunar. Ana kilise ve çevresindeki diğer yapılaşma olarak mimari kurgu, iki ana bölümden oluşur. Manastırın çekirdeğini oluşturan Kaya Kilisesi (Ana Kilise), doğal bir mağaranın genişletilmesiyle oluşturulmuştur. Kuzey-güney doğrultusunda uzanan düzensiz bir dikdörtgen formuna sahip olan kilise, tek nefli bir yapı arz eder. Mağaranın doğal kavisleri, mimari birer öğe olarak kabul edilmiş ve apsis bölümü doğuya bakacak şekilde kaya içine oyulmuştur. 19. yüzyılda yapılan onarımlarla kaya kilisesinin önüne eklenen kagir narteks (giriş bölümü), yapının dış cephesine daha klasik bir kilise görünümü kazandırmıştır. Bu bölümdeki pencereler, içeriye kontrollü bir ışık hüzmesi sağlayarak mistik atmosferi güçlendirir. Manastırın avlusu etrafında dizilmiş şapeller ve hücreler, rahibelerin konakladığı hücreler, mutfak, yemekhane ve misafirhaneler ile kompleksin batı kısmında, dönemin karakteristik üslubunu yansıtan yüksek bir çan kulesi ise manasın diğer birimleridir. Kızlar Manastırı’nı diğerlerinden ayıran en özgün mimari birimler, iki katlı olarak inşa edilen hücre dizileridir. Hücrelerin önünde, avluya bakan ahşap veya taş dikmeli revaklar (arkadlı geçitler) bulunur. Bu revaklar hem iklimsel koruma sağlar hem de manastır içindeki sirkülasyonu düzenler. Hücre içlerinde nişler (dolap benzeri oyuklar) ve ısınma için küçük ocaklar mevcuttur. Bu birimler, Bizans ve Osmanlı Dönemi yerel konut mimarisinin manastır yaşantısına uyarlanmış bir sentezidir. Manastırın en geç tarihli (19. yy) eklemelerinden biri olan çan kulesi, kompleksin dikey aksındaki en baskın öğedir. Kule, neoklasik etkiler taşır ve kesme taş işçiliğiyle dikkat çeker. Kare planlı bir kaide üzerinde yükselen kulenin üst katı, dört yöne açılan kemerli açıklıklara sahiptir. Bu yapı, Trabzon’daki Rus ve Avrupa etkili geç dönem kilise mimarisinin (örneğin Santa Maria Kilisesi) izlerini taşır. Manastırın güneybatısında yer alan Ayazma (Kutsal Su), mimari programın ayrılmaz bir parçasıdır. Kayadan sızan suların toplandığı küçük bir havuz ve üzerini örten tonozlu yapı, dinsel ritüellerin mekânsal karşılığını oluşturur.

Manastırda kullanılan malzeme, bölgenin jeolojik yapısı ve döneminin yerel işçiliğiyle örtüşmektedir. Manastırı oluşturan yapı birimlerinin duvarlarında yerel andezit ve bazalt karakterli kesme taş ile moloz taş bir arada kullanılmıştır. Geleneksel kireç esaslı horasan harcı taşıyıcı unsurlar ve yığma örgülerin temel bağlayıcısıdır. Ana kilisenin doğrudan ana kayaya oyulmuş olması, Kapadokya ve Sümela örnekleriyle tipolojik benzerlikler sunar.

Manastırın en dikkat çekici sanatsal unsuru, kaya kilisesinin içindeki üç farklı döneme tarihlendirilen fresklerdir. Komnenos kraliyet ailesine (III. Alexios ve ailesi) ait olan portre karakterli duvar resimleri, Komnenos Krallığı Dönemine aittir. Daha stilize ve niteliksiz olan 12 bayram siklusuna ait süslemeler 18. yüzyıl eklentileridir. Rus ve batı etkisi ile şekillenen çok rennkli, daha gerçekçi ve hacimli dini figürler ise 19. yüzyıldan kalmadır. 

Kızlar Manastırı’nın mimari hiyerarşisi, Sümela Manastırı ve Vazelon Manastırı ile benzerlik gösterse de, şehir merkezine olan yakınlığı ve tamamen kadınlara tahsis edilmiş olmasıyla bu gruptan ayrılır. Anthony Bryer ve David Winfield'ın "The Byzantine Monuments and Topography of the Pontos" adlı çalışmalarında belirttikleri üzere; bu yapı, Pontos bölgesindeki Geç Bizans mimarisinin taşra üslubundan saray üslubuna geçişini temsil eden kritik bir örnektir. Kızlar Manastırı’nın 2014 yılında başlayan restorasyon sürecinde, döşeme, çatı, korkuluk ve duvarlarda yoğun bir şekilde cam malzeme kullanıldığı ve bu kullanımın yapının orijinal dokusuna zarar vermeden hem koruma hem de ziyaretçiler için rahat bir gezinme ortamı oluşturduğu müşahade edilmiştir.