Yeni Cuma Mahallesinde yer alan yapı St. Eugenious Kilisesi'nden camiye dönüştürülmüştür. 11. Yüzyıl başlarına tarihlenen kilise yapısı, Komnenoslar Dönemi eklentileri sonrasında günümüzdeki durumunu almıştır. İlk evre yapısının üç nefli bazilikal planı sonraki eklemelerle Yunan Haçı planına dönüştürülmüştür. Fetihle birlikte camiye dönüştürülen yapıya minare ve mihrap eklenmiştir.

Eugenius Kilisesinin inşa tarihi tartışmalıdır. Şehrin Hristiyan yönetimi döneminde kurtarıcı Azizi olan St. Eugenius’un adına yapılan kilisenin ilk olarak Bizans İmp. II. Basileus zamanında (976-1025) onarım ve eklemeler kaydı mevcuttur. Yine Saltuklu Meliki’nin 1223 yılında Trabzon kuşatması sırasında bu yapıyı ordu karargâhı olarak kullandığı bilgisinden yola çıkılarak kilisenin Komnenos Krallığı öncesinde inşa edildiği anlaşılmaktadır. Bazilikal planlı ve kubbesiz olarak inşa edilen bu ilk evre yapısının bir benzeri, 1291 yılında Komnenos Kralı II. İoannis Döneminde (1280-1297) yeniden yaptırılmıştır. 1350 yılından önce yapı genişletilmiş ve kubbe eklenmiştir. İçerisindeki fresklerin de bu tarihten sonra III. Aleksios (1349-1390) tarafından yaptırılmış olduğu anlaşılmaktadır. 1461 yılı Ağustos ayından hemen önce Osmanlıların eline geçen kilise Fatih Sultan Mehmed’in burada cuma namazı kılması ile camiye dönüştürülmüştür.    

İlk evresi üç nefli bazilikal planla yapılmış olan kilise, mevcut durumuyla kubbeli ve kapalı haç planlıdır. Üç apsisli doğu cephede, ana apsis beşgen, pastoforion odaları ise at nalı biçimindedir. Çift nartekski olduğu anlaşılan kilisenin dış narteks iç duvarlarında Komnenos krallarının portre freskleri yapılmıştı. İçerisindeki batı genişletme kemerini taşıyan sütunlar dor düzenli devşirme malzemedir. Naos duvarlarında da fresklerin varlığı farklı dönemlerde yapılan araştırmalarla ortaya konulmuştur. 

Söylence:

Aziz Eugenius, Roma imparatoru Diokletianus Dönemi’nde (284-305) Canisius, Valerian ve Aquila ile birlikte şehrin ilk Martyrlerindendir. Hıristiyan olan Eugenius bugünkü Boz tepedeki Mithras’ın Putunu yıktığı için öldürülmüştür (Miller, 2007, s.9; Fallmerayer, 2002, s.84). Aziz’e adanmış bir kilise ya da mezar olduğuna dair ilk kanıt,  rokopios’un 6. yüzyılda Iustinianus’un burada Aziz Eugenius’a ithaf edilmiş bir su kemeri inşa ettirdiği kaydından gelmektedir (Bryer, 2007, s.223). Ananias’ın Tychikos ile burada Aziz Eugenius’un mezarında buluştuğunu ve burada bir kütüphane olduğunu öğrenmekteyiz. Yedinci yüzyılda dönemin âlimlerinden Širak’lı Ananias’ın otobiyografisinde Eugenius’un kültüne dair kanıtlar bulunmaktadır. Ananias ünlü Tychikos’un kütüphanesinden yararlanmak için Trabzon’a gider ve Tychikos ile Aziz Eugenius’un mezarında buluşur (Bijişkyan, çev. Andreasyan, 1969, s.51). On dördüncü yüzyılda Trabzon metropoliti olan Ioannes Lazaropoulos tarafından toplanan mucizeleri, bugün Athos Dağı Dionysious Manastırı’ndaki 154 nolu el yazmasında korunmuştur. Buna göre İmparator I. Basileos döneminde (867- 886), bir rahip olan Leo Photeinos 21 Ocak günü Eugenios Kilisesinde mucizevi bir şekilde Azizi görür ve Eugenios rahibe doğum günü olan 24 Haziran’ın da bayram günü olarak kutlanmasını istediğini belirtir. İlk zamanlar bu ikinci gün gizli olarak kutlanmıştır ancak halkın isteği üzerine metropolit Athanasios resmi olarak kutlanmasını onaylamıştır. Lazaropoulos Logos’un ikinci bölümünde II. Aleksios’un Aziz Eugenios’un yardımıyla Mithrion dağındaki ejderhayı öldürüşünü anlatmaktadır.