Ortahisar Mescidi, Ortahisar Mahallesi’nde Fatih Camii Sokak ile Amasya Mescit Sokak’ın kesişiminde, doğu yakada ve muvakkithanenin doğusunda yer almaktadır. 16. yüzyılda inşa edildiği düşünülen mescit, Saraçzade Medresesi ile bitişik konumdadır. Günümüze yalnızca dış duvarlarının bir bölümü ulaşabilmiş olup, diğer kısımları yıkılmış, yapının özgün işlevi ve mimarisi büyük ölçüde kaybolmuştur.

Ortahisar Mescidi, Ortahisar Mahallesi’nde Fatih Camii Sokak ile Amasya Mescit Sokak’ın kesişiminde, doğu yakada ve muvakkithanenin doğusunda yer almaktadır. Yapı, bitişiğindeki Saraçzade Medresesi ile birlikte inşa edilmiştir. Bu yapı topluluğunun, yani mescit ve medrese bütününün, 16. yüzyılda inşa edilmiş olma ihtimali oldukça yüksektir. Mescidin günümüze yalnızca dış çerçevesini oluşturan iki duvarı ulaşabilmiş; diğer bölümleri tamamen yıkılmıştır. Medreseyle bitişik olan bölümler ise daha sonra farklı amaçlarla kullanılmış, bu süreçte orijinal mimari yapısını kaybetmiştir.

Mescit, kareye yakın dikdörtgen planlı bir yapıdır ve yapılan raspalama çalışmaları sonucunda, Bizans döneminden kalma bir yapının bazı duvarlarının kullanılarak inşa edildiği anlaşılmıştır. Özellikle batı duvarında ortaya çıkarılan pencere nişi ve yüzey bezemesi, yapının Komnenoslar dönemine ait mimari unsurlar içerdiğini göstermektedir. Bu durum, mescidin bulunduğu yerde daha önce Bizans dönemine ait bir yapının var olduğunu ve yeni inşada bu yapının kalıntılarından yararlanıldığını ortaya koymaktadır.

Ayrıca bu mescidin, İnas (Kız) Mektebi güneyinde yer alan ve köşk mescit türünde inşa edilmiş bir başka yapı ile karıştırıldığı anlaşılmaktadır. Arşiv belgeleri ve çeşitli kaynaklarda Ortahisar Mescidi’nin Zağnos Mescidi ya da farklı adlarla da anıldığı görülmekte; ancak bu yapıların aslında birbirinden ayrı yapılar olduğu kanaati oluşmuştur. Bu bağlamda Ortahisar Mescidi, Saraçzade Medresesi ile birlikte bir külliye/parsel bütünlüğü oluştururken, Zağnos Mescidi adıyla anılan diğer yapı başka bir konumda yer almaktadır.

Arşiv belgeleri ve yapı üzerindeki raspa izlerinden anlaşıldığı üzere mescit, 19. yüzyılda medrese ve muvakkithane ile birlikte onarımdan geçirilmiştir. Günümüzde ise yapı kullanılmamaktadır; yalnızca iki dış duvarı ayakta kalabilmiş, diğer tüm kısımları yıkılarak yok olmuştur.

Kitabe:

Yapının güney cephesinde yer alan cümle kapısının alınlığında ve avlunun sağındaki duvarda Trabzonlu Hattat Rıfat tarafından yazılan iki kitabe yer almaktadır. Cümle kapısının üzerindeki kitabede, celi sülüsle kelime-i tevhit yazılıdır. Avlunun sağındaki duvarda yer alan yedi beyitlik manzum kitabe ise mermer üzerine talik yazı ile yazılmıştır. Yapının onarım tarihi bu kitabede yazılıdır.

1- Dünyada İbadet ve ders öğrenmek oldukça, Mevla Abdülaziz Han’a tükenmez şan ve şevket ihsan ede,

2- Kudret arttıran zamanında sayısız inşaat; biri bu medrese yandı, yeniden yapıldı meydana geldi,

3- Pir nazifi vakıf işlerine bakma görevini kendisinde görerek, inşası için müşirlere iki kez ferman eyledi,

4- Bu binanın ilk yapıcısının şöhreti Sarrac-zadedir fakat, bu keramet nuru üç defadır dünyaya yayıldı, 5- Halkın din gayreti denizi coşup, zeminini ve odalarını insanlar için genişletip çoğalttı,

6- Ne güzel tarz ve üslupla düzenlenmiş ki her saat seyr eden kimseye cennet bağının rüzgarları eser,

7- Zühdi sonunda tarih kalemi cevher saçtı. Şaşılacak güzellikte toplanılacak yer, gerçek medrese, mescid, kütüphane. Sene 1283 H/1866 M.