Günümüze gelemeyen mektep, Çarşı Mahallesinde Kahramanmaraş Caddesi ile Uzun Sokak arasında yer almaktaydı. Ancak mektebin ilk yeri İskenderpaşa Medresesidir. İptidai mektebi olarak kurulmuş olan bu eğitim kurumu, taş malzeme ile iki katlı olarak yapılmıştır.

İskenderpaşa Mektebi, Çarşı Mahallesi’nde Kahramanmaraş Caddesi üzerinde yer almaktaydı. Ancak mektebin ilk yeri İskenderpaşa Medresesidir. 1519 yılında yapılan İskenderpaşa medresesi, 1912 Balkan Savaşı sırasında kapatılmış ve 1926 yılında İskenderpaşa İptidai Mektebi adıyla medrese binasında açılmıştır. 1930 yılında günümüzde Sadri Şener Trabzonspor Tesislerinin olduğu binaya taşınmıştır. 1950 yılında da Maraş Caddesi üzerinde günümüzdeki Trabzonspor Müzesi binasına taşınmış ve uzun yıllar burada eğitim-öğretime devam etmiştir. 2000 yılında yeni yapılan okula taşınan bu eğitim müessesesi işlevine aktif olarak devam etmektedir. 

İskenderpaşa Mektebi, taş malzeme ile iki katlı olarak yığma usulünde inşa edilmiştir. Giriş kısmı dışarı taşırılmış olan yapı, geleneksel Trabzon konutları düzenindedir. Yuvarlak kesitli dört sütunla taşınan giriş çıkması, oldukça geniş tutulmuştur. Zemin katta açık olan bu çıkma bölümü, birinci katta yine sütunların taşıdığı veranda düzenlemesi göstermektedir. Katları birbirinden ayıran profilli taş kornişler, yapının bütün cephelerini dolaşmaktadır. Dışarı taşırılmış taş sövelerin dikdörtgen biçiminde çevrelediği pencereler, her katta birbirinin tekrarı biçimindedir. Neoklasik sanat üslubu gösteren yapının dış cephesi günümüze orijinal olarak gelebilmiş ancak iç mekân çoğunlukla değiştirilmiştir.